結論、どこでも同じなのでお好きなところで大丈夫です。
物件か費用
～ 選ぶ基準その1 物件で選ぶ～
物件で選ぶ場合は、どこへ行っても違いはありません。
最近は各ポータルサイトより一括でお問い合わせを送れる機能があるので、気になる物件にまとめて問い合わせをかけて、とりあえず一番よさそうな物件を内見してみるという方が多いとは思います。他には、レスポンスの速さや対応の丁寧さなどで行く不動産屋を決めるという方もいます。
募集中の物件については、全国のほとんどの物件がどこの不動産業者でも紹介可能です。（インターネットに掲載する物件は各社、掲載の確認を家主（管理会社）に取って各々掲載したい物件を選んで載せています。ですので掲載していなくても現状募集のある物件であればほとんどの物件はご紹介できます。）
不動産屋に、物件名や、住所・家賃などの情報を伝えて頂ければ大抵わかりますので、気になっている物件を一社でまとめて見て回るということもできます。何社も回るのが手間な場合は、この方が楽です。
「いろいろな業者を回ってみたい！」ということでしたら、いくつか回るのも良いかと思います。（引っ越しはそうそう何度もするものでもないですし、せっかくですから）
状況は同じなので、同じ条件を伝えていれば、何社回っても同じ物件が出てくる可能性の方は高いのでその点注意は必要です。（担当が調べ尽くしていればですが。）
もしくは管理物件を決めたい担当がそれを基準に紹介する物件を集めると少し条件外れな微妙な感じのラインナップになることもあります。それはそれでせっかくなので見てみても良いと思います。（あくまでせっかくなので）
～ 選ぶ基準その2 費用で選ぶ～
費用で選ぶとすれば、業者によって違いがでることがあります。
この書き方だと、勘違いをされてしまう方がいらっしゃるかもしれませんが、どこに行っても物件本体の条件は同じです。（家賃・敷金・礼金・その他費用等）
仲介A社と仲介B社で同じ部屋で家賃が違うや鍵交換代等のその他費用がA社でかかるがB社でかからないというのはまずありません。仮に引っ越しや車検のように、合い見積もりを取ってみても本体にかかる費用は同じになるので無意味です。
物件本体の基本条件は、家主（管理会社）が決めている為、仲介に裁量はありません。（申込時に交渉は入れられます。通るかどうかは別にして）
本体にという言い方をしたのは、前後する可能性がある為です。
本体（家主・管理会社）が受領する分は同じですが、保険や仲介手数料については受領先が違うので場合によっては金額が変わる可能性があります。
保険は家主・管理会社指定の場合がほとんどなので、同じことのほうが多いですが指定がない場合は、各仲介で提携しているところを紹介されるので金額に違いがでるケースがあります。
仲介手数料は、仲介業者の受領分で、通常は家賃1ヵ月+消費税です。仲介業者の受領分なので裁量は各社に委ねられています。(友達に無料でやったりとかそんなところです。)慣習で借主100％が多いですが、業者によっては仲介手数料半額のところもあります。（自社管理物件のみ半額とか小さく書いていることもあるので確認要です。）または、貸主で仲介手数料無料というのもあります。（無料と記載してあればそうですが、貸主のグループ会社が仲介に入る場合もあるので一括りで無料と言い切るのが難しいところですが。）
というように費用の面で選ぶ場合はこんな感じです。
～ 選ぶ基準その2 管理している会社を選ぶ～
もう一つ、気になる物件の管理をしている業者に仲介も依頼した方がいいと思われる方もいらしゃいますが、これはケースバイケースです。
1.入居時の費用面で見た場合
管理している物件なので融通が利きやすい可能性もあります。物件によっては交渉がしやすいケースもあります。
一方で考える必要があるのは、管理会社=家主から管理料をもらっている、ということです。
当然完全に入居者側に立って話をする、というのは難しいです。（経験上）
むしろ、家主から管理を変更されてしまうと大変なので、当然家主寄りにならなければならないことも立場上でてきます。
入居者さんは退去してしまえばそれまでで、また別の入居者をみつければいいだけなので、家主をないがしろにしてまで入居者を優先するメリットは薄いです。
管理しているから、例えば家賃の交渉がしやすいか、というと必ずしもそうでもないということです。スピード感でいえば、直接家主と話しができるので話は早いです。担当の方で、お客さんのOKがでるギリギリのラインと家主ののめるラインを見極めて、成約になりそうなラインで話をまとめればいいだけなので。余裕で通るラインでは話をまとめることは少ないように思います。
すごく稀だとは思いますが、前にダメ元で5000円ダウンで交渉したら通っちゃったということがありましたが、管理会社から交渉を入れたとすれば、そうゆうことはまずないでしょう。
その他の費用のカットも同様で（消臭施工代など）管理会社側にも規定やノルマ、インセンティブの発生など、気軽に外してもらえるというものでもありません。
家賃交渉や礼金減額など、費用面で交渉する場合は結果論になってしまうので、申込時に判断はできません。どこの業者でも希望があれば、交渉は入れられますので結果は家主（管理会社）次第というところです。
2. 住み始めてからのことも考えての場合
管理している会社で仲介した方がいいと思われる方で聞く理由のもう一つがこれです。入居後にトラブルや設備の不具合があった場合にも良く対応してもらえるんじゃないか、というところです。これはたまに言われる方はいますが、正直全く関係ありません。もし対応が悪かったとすれば、もともと対応の悪い管理会社だっただけです。大家さんにお金をもらって代わりに管理しているので、会社として特定の人に便宜を図るということはしません。入居者は入居者です。
また、入居の前に「お隣さんはどんな人でなにをされていて云々」そのあたりの情報にも詳しく聞けそうと思われる方もいらっしゃいます。個人情報の保護が厳しい昨今で、何が個人情報にあたるかわからないようなことを気軽に詳しく人には話せません。逆にそういう管理会社なら自分の情報も同じように扱われるかもしれないと考えた方が賢明です。案内時に質問されることも多いですが、もちろん仲介では詳しくわからないでし、教えてもらうのも難しいですが、その場合でも本当に問題がある入居者がいる（それが理由で退去者が出ている等）の場合は教えてもらえます。むしろ管理会社の方から通告があります。（隠していた場合トラブルになりますし。）
ですので特段のメリットはありません。
3.物件でみた場合
これにしたいというような、特定の物件が決まっている場合は管理している会社を選ぶのも問題はありません。ただし、候補がまだいくつかあってどれにしようか決まっていない場合は注意が必要です。
候補物件すべてを管理している会社で見ようとすると内見の手配を別々にする手間がかかります。また、来店を促された場合は店でしばらく話をして他の物件も紹介されます。各会社でこの動きをしているうちに、時期によっては候補物件が減っていく（他から申込が入る）可能性があります。また、基本的には自社の管理物件に入居者を付けたいので、他の自社物件のみか、案内をする物件よりも（比較対象として）よくない物件を紹介されるということもよくあります。
また、物件に看板がかかっているから管理しているかというとそういうこともなく、物件の管理自体は大家さんや他業者さんが直接されているケースもあるので、結局ただの仲介ということがあるので確実に見分けるのは難しいです。
ちなみに、上のケース以外ですが、大手不動産会社（や昔からやっている地場業者）のほうが潰れなそうで安心感がある、物件も持っていそうという意見もありました。仲介は入居してしまった後は仮に潰れたとしても全く影響がありません。どちらかというと管理をしている会社が潰れる方が手間かと思います。（入居中に管理会社が変わることもよくあるので別に珍しいことでも特別煩わしいことがあるわけでもありませんが。場合によって、保証会社が変更になったり、無料インターネットが使えなくなったりはあるかもしれません。）。物件が多い少ないははじめに書いた通りです。
ということで、結論は一行目で述べた通りですが、お好きなところをお選び下さい。
後は、お願いになりますが、どこかで物件を内見されたとすれば、見た物件については内見をした業者にお問い合わせ・お手続きをお願いして頂きたいです。（担当の態度が悪いとか、気に入らないとかであれば別ですが）
案内した物件を抜くのも抜かれるのも気分のいいものではないので・・。
さて、そんなわけで、丁寧な接客・ご案内でお部屋探しを全力でお手伝いをさせて頂きますので
お部屋探しはぜひ水野不動産へお任せ下さい(笑)。